Genetisk variasjon av amfibier i fragmenterte akvatiske habitater
1 Formål
Miljødirektoratet ønsker informasjon om genetisk struktur av amfibier, der det bl.a. skal testes for 1) genetisk variasjon mellom delbestander og effekter av urban fragmentering, 2) variasjon genom og i immunogener, som i seg selv kan gi informasjon om genetisk diversitet, og der kunnskap om variasjon i tillegg kan være relevant ved sykdom/utbrudd av den parasittiske soppen Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), 3) genetisk variasjon i forbindelse med populasjoner av storsalamander smittet av Bd sammenlignet med usmittede dammer.
2 Skadevirkninger
Desinfeksjon av alt utstyr vil foregå i henhold til utarbeidet protokoll (Vedlegg 1) for å unngå smitte, og det vil til enhver tid bli brukt engangshansker når dyrene håndteres. Dyrene fanges i ørekyteruser med flottører. Rusene står i vannet over natta og maksimalt 15-18 timer. Dette er en skånsom innfangingsmetodikk. Innfangede dyr vil oppholde seg i rusen frem til prøvetagning. For å gjennomføre de genetiske studiene må det samles vevsprøver fra forsøksdyrene. Vevsprøver fra salamander samles ved at inntil 0,3 cm av haletippen klippes av med en meget skarp saks. Hos salamandere vil haletippen vokse ut igjen og tidligere forsøk har vist like høy overlevelse for dyr med haleklipp som andre, merkede dyr uten klippet haletipp (Vedlegg 2). Vevsprøver fra frosk/padde samles ved at den minste tåen av en bakfot klippes med en meget skarp saks. Tidligere forsøk på padde og frosk har vist meget høy overlevelsen ved klipp av en tå (Vedlegg 3 og 4).
3 Forventet nytteverdi
Det finnes generelt lite genetisk data fra norske amfibiepopulasjoner. Deler av det innsamlede materialet skal inngå i en PhD som ved bruk av 13 mikrosatellitter skal studere potensielle effekter av fragmenteringen av delbestander som følge av menneskelige inngrep. Resultatene kan knyttes opp mot fremtidige forvaltningstiltak knyttet til bevaring av storsalamanderens leveområder. De genetiske undersøkelsene på småsalamander, frosk og padde kommer til å inngå i et større forskningsprosjekt som bl.a. skal se på genomiske sweeps i forbindelse med fragmentering/urbanisering, og undersøke variasjonen i 25 ulike immun-genotyper.
4 Antall dyr og art
Storsalamander: 40 dammer, 25 individer per dam = inntil1000 individer
Småsalamander: 40 dammer, 25 individer per dam = inntil 1000 individer
Padde: ca 10 dammer i Oslo-området, 20 individer per dam = inntil 200 individer
Frosk: ca 10 dammer i Oslo-området, 20 individer per dam = inntil 200 individer
5 Hvordan etterleve 3R
Vi har testet mindre invasive metoder (f.eks. strykeprøver på hud/munnhule med q-tips) for innsamling av artsspesifikk DNA men dette har vist seg å gi for lite/dårlig/svært variabelt DNA til de påtenkte analysene vi skal gjennomføre, her og vevsinnsamling er nødvendig. Gode vevsprøver vil minimere fremtidig innsamlingsbehov for de samme dammene. Vi har også vurdert innsamling av egg, men siden vi er interessert i evolusjonære tilpasningsgener må vi samle inn individer som har overlevd til voksenstadiet. Videre forventer vi forholdsvis lav genetisk variasjon og det er derfor nødvendig med minimum 20 dyr per dam for å få mål på individuell variasjon. Hvert dyr vil inngå i flere forsøksoppsett og også være referansemateriale for fremtiden.
Miljødirektoratet ønsker informasjon om genetisk struktur av amfibier, der det bl.a. skal testes for 1) genetisk variasjon mellom delbestander og effekter av urban fragmentering, 2) variasjon genom og i immunogener, som i seg selv kan gi informasjon om genetisk diversitet, og der kunnskap om variasjon i tillegg kan være relevant ved sykdom/utbrudd av den parasittiske soppen Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), 3) genetisk variasjon i forbindelse med populasjoner av storsalamander smittet av Bd sammenlignet med usmittede dammer.
2 Skadevirkninger
Desinfeksjon av alt utstyr vil foregå i henhold til utarbeidet protokoll (Vedlegg 1) for å unngå smitte, og det vil til enhver tid bli brukt engangshansker når dyrene håndteres. Dyrene fanges i ørekyteruser med flottører. Rusene står i vannet over natta og maksimalt 15-18 timer. Dette er en skånsom innfangingsmetodikk. Innfangede dyr vil oppholde seg i rusen frem til prøvetagning. For å gjennomføre de genetiske studiene må det samles vevsprøver fra forsøksdyrene. Vevsprøver fra salamander samles ved at inntil 0,3 cm av haletippen klippes av med en meget skarp saks. Hos salamandere vil haletippen vokse ut igjen og tidligere forsøk har vist like høy overlevelse for dyr med haleklipp som andre, merkede dyr uten klippet haletipp (Vedlegg 2). Vevsprøver fra frosk/padde samles ved at den minste tåen av en bakfot klippes med en meget skarp saks. Tidligere forsøk på padde og frosk har vist meget høy overlevelsen ved klipp av en tå (Vedlegg 3 og 4).
3 Forventet nytteverdi
Det finnes generelt lite genetisk data fra norske amfibiepopulasjoner. Deler av det innsamlede materialet skal inngå i en PhD som ved bruk av 13 mikrosatellitter skal studere potensielle effekter av fragmenteringen av delbestander som følge av menneskelige inngrep. Resultatene kan knyttes opp mot fremtidige forvaltningstiltak knyttet til bevaring av storsalamanderens leveområder. De genetiske undersøkelsene på småsalamander, frosk og padde kommer til å inngå i et større forskningsprosjekt som bl.a. skal se på genomiske sweeps i forbindelse med fragmentering/urbanisering, og undersøke variasjonen i 25 ulike immun-genotyper.
4 Antall dyr og art
Storsalamander: 40 dammer, 25 individer per dam = inntil1000 individer
Småsalamander: 40 dammer, 25 individer per dam = inntil 1000 individer
Padde: ca 10 dammer i Oslo-området, 20 individer per dam = inntil 200 individer
Frosk: ca 10 dammer i Oslo-området, 20 individer per dam = inntil 200 individer
5 Hvordan etterleve 3R
Vi har testet mindre invasive metoder (f.eks. strykeprøver på hud/munnhule med q-tips) for innsamling av artsspesifikk DNA men dette har vist seg å gi for lite/dårlig/svært variabelt DNA til de påtenkte analysene vi skal gjennomføre, her og vevsinnsamling er nødvendig. Gode vevsprøver vil minimere fremtidig innsamlingsbehov for de samme dammene. Vi har også vurdert innsamling av egg, men siden vi er interessert i evolusjonære tilpasningsgener må vi samle inn individer som har overlevd til voksenstadiet. Videre forventer vi forholdsvis lav genetisk variasjon og det er derfor nødvendig med minimum 20 dyr per dam for å få mål på individuell variasjon. Hvert dyr vil inngå i flere forsøksoppsett og også være referansemateriale for fremtiden.