Veterinærinstituttet er nasjonalt referanselaboratorium for fiske- og krepssykdommer
Ved mistanke om listeført sykdom eller ny sykdom («emerging disease») skal prøver sendes til Veterinærinstituttet for eventuell stadfesting av diagnose.
Utpeking av de nasjonale referanselaboratoriene og ansvarsområder er gitt i kontrollforskriftens artikkel 100 og 101. Veterinærinstituttet er nasjonalt referanselaboratorium.
Veterinærinstituttet lagrer bl.a. levende bakterieisolater fra sykdomsutbrudd. Disse kan senere brukes til smittesporing og eventuell vaksineutvikling. Dette legger også til rette for raskere oppdagelse av nye bakterielle patogener, da dyrkning, i motsetning til PCR, kan avdekke flere og ulike typer av smitte. Histologi og metoder som påviser smittestoff og parasitter direkte i fiskevev (f.eks. immunhistokjemi) er gode verktøy for å finne ut hvilke smittestoffer som kan være årsak til kjente sykdommer. Histologiske forandringer kan gi mistanke om nye og ukjente sykdommer forårsaket av virus eller bakterier.