Lakselus kan etter gjentatte avlusinger utvikle motstand mot enkelte avlusingsmidler. Dette er en naturlig utvikling siden det er de individene som best tåler avlusingsmiddelet som overlever hver gang. Disse individene utvelges fram gjennom behandling, men er ikke farligere på noen måte. De er heldige bærere av egenskapen som gjør at de overlever behandlingen og kan formere seg videre.
Utviklingen av nedsatt følsomhet og resistens skjer raskere dersom man feilbehandler. Eksempel på feilbehandling er å bruke det samme lusemiddelet gang på gang eller å bruke for lave doser av lusemiddelet slik at lusen overlever behandlingen.
På grunn av resistensproblemene har oppdretterne begynt å ta i bruk midler de ikke har brukt på en del år. Det er midler som azametifos, diflubenzuron, teflubenzuron og hydrogenperoksid. Alle utenom hydrogenperoksid er mindre effektive enn midlene lusen har blitt resistent mot.
Multiresistens
Multiresistens betyr at lusen er motstandsdyktig mot flere av behandlingsmidlene.