(jf forordning 834/2007 art. 12, 1a, b og c) regulerer hvilke produksjonsregler som gjelder for økologisk planteproduksjon når det gjelder tilførsel av næringsstoffer. Det er ingen felles EØS-regler for produksjon av økologisk gjødsel, og slike produkter kan derfor ikke merkes som økologiske.
Jordens fruktbarhet og biologiske aktivitet skal opprettholdes og økes gjennom flerårig vekselbruk, herunder belgvekster og andre grønngjødselavlinger, og gjennom tilførsel av husdyrgjødsel eller organisk materiale fra økologisk produksjon.
Bruk av ikke-økologisk gjødsel- og jordforbedringsmidler er bare tillatt dersom de kun inneholder ingredienser oppført i listen i vedlegg I til forordning 889/2008. (se vedlegg 1 Veileder for økologisk landbruk). Produkter på denne listen skal bare brukes dersom man ikke klarer å oppfylle næringsbehovet på andre måter, og bare i den utstrekning det anses nødvendig. Produsentene skal i tillegg dokumentere behovet for bruk av disse produktene, og denne dokumentasjonen og bruken av gjødsel- og jordforbedringsprodukter blir kontrollert av Debio ved den årlige fysiske inspeksjonen.
Selv om gjødsel- og jordforbedringsmidler ikke er omfattet av økologiforordningens virkeområde som sådan, er de koblet til økologisk planteproduksjon på en måte som tilsier at det vil være i strid med økologiforordningen å merke slike produkter med referanse til økologisk produksjon. Produkter som kun inneholder ingredienser oppført i vedlegg I til forordning 889/2008 kan imidlertid merkes med «kan brukes i økologisk produksjon». Det er virksomhetens ansvar å produsere og merke produkter i henhold til gjeldende regelverk, herunder både gjødselregelverk og økologiregelverk. Videre er det gårdbruker sitt ansvar å kun benytte innsatsvarer i sin økologiske produksjon som er i tråd med økologiregelverket.
Forskrift om organisk gjødsel gjelder for alle gjødselvarer som omsettes i Norge, også de som markedsføres som at de kan brukes i økologisk produksjon. Organiske gjødselvarer skal registreres hos Mattilsynet før de kan omsettes i Norge.